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症状
対処法
デスクトップ（おそらく階層が浅い場所）に保存する。
補足
この後解像度を変更して保存し直したら欠けが再発しなかったので、
・巨大な画像である（今回発生したのは17000px×9000px）
・階層深めの場所に保存する
という条件で発生する模様。
ちなみに保存設定は
こんな感じ。
補足2 参考リンク
https://www.clip-studio.com/clip_site/support/request/detail/svc/54/tid/91853
解決に至ったのはこの記事。
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